La Facultad de Ciencias Económicas y Financieras fue creada el 25 de noviembre de 1947, como la segunda Facultad de la Universidad “Juan Misael Saracho”, con el nombre de Facultad de Economía con una orientación netamente contable y jurídica.

El 21 de abril de 1948 la Facultad de Economía comienza a funcionar de forma regular, iniciando su gestión con 17 estudiantes inscritos en el primer año en la sección facultativa y con 55 estudiantes en la sección comercial, siendo su primer decano el Sr. Adolfo Piñeiro Román, quien desarrollo importantes actividades durante su gestión contribuyendo al fortalecimiento y consolidación de la nueva facultad.

Sin embargo un aspecto que llama la atención en el periodo 1952, es la falta de profesionales docentes para regentar la cátedra, por lo que la facultad se ve en la obligación de contratar a jóvenes egresados de la misma; ampliándose el periodo de estudio de 4 a 5 años.

En el año 1955 se hace cargo de la Decanatura en calidad Decano Interino y de manera ad Honoren, el sr. Docente Humberto Angulo, quien en base al consejo universitario aplica el nuevo plan de estudios a los cinco cursos de la facultad.

Durante la década de los años sesenta ha logrado un importante desarrollo en base a acciones progresistas a través de reformas de planes de estudio, provisión de cátedras con exámenes de competencia, nivelación de programas con otras facultades de universidades hermanas y otras más, logró un importante cambio cualitativo, pasando de una orientación jurídico contable y fuerte presencia de docentes abogados a un plan de estudios con clara orientación hacia el pensamiento económico de la CEPAL, predominante en aquel tiempo. Contó asimismo con prestigiosos economistas que luego de exitosos cursos de postgrado en centros que son referente internacional como ESCOLATINA, el CIENES y CELADE en Santiago de Chile, se integraron a la planta docente. A esto hay que añadir los aportes realizados a la región a través del activo rol que ha cumplido en favor del Desarrollo departamental promoviendo Foros y Debates.

Se divide la Facultad en: Facultad de Economía e Instituto de Comercio, quedando a cargo de los Decanos Dr. Alberto Sánchez Rossel y el Lic. Manuel Cuevas Aguilera respectivamente, hasta la gestión 1967.

A partir de este año el instituto de comercio se cierra iniciando sus actividades la carrera de auditoria. La facultad continúa con sus actividades hasta el año 1971.

A raíz de la intervención militar en la administración del estado, debe cerrar sus puertas.

Reinicia sus actividades en la gestión 1972, con las carreras de Economía, Auditoria y Administración de Empresas, bajo un sistema semestralizado con los consiguientes cambios y reformas en los planes de estudio.

En base a diversas reuniones pre-sectoriales que contaron con la participación activa de docentes y estudiantes de cada carrera, se pone en vigencia los planes anuales de las tres carreras, denominando PLAN 90, cuyas características permiten ubicar a la facultad entre las mejores del sistema universitario nacional.

En el denominado Plan Piloto de Proceso de Cambio y Transformación de la Educación Superior, en el contexto Latino Americano IESAL/UNESCO, iniciado en la universidad, a partir del 2002, la Facultad de Ciencias Económicas y Financieras, para el quinquenio 2002-2006, ingresa en la dinámica de la incorporación del modelo centrado en el aprendizaje curricular flexible, graduación directa y administración académica por departamentos, asimismo se implementan acciones progresistas, a través de reformas de planes de estudio, provisión de cátedras con exámenes de competencia, nivelación de programas y otras acciones que contribuyeron en un importante cambio cualitativo dentro de esta nueva estructura departamentalizada, la facultad queda conformada por departamentos, de la siguiente manera:
1. Dpto. de Economía General
2. Dpto. de Economía Aplicada
3. Dpto. de Sistemas Contables.
4. Dpto. de Auditoria y Finanzas
5. Dpto. de Administración
6. Dpto. de Administración Aplicada
7. Dpto. de Estadística
En lo que se refiere a la formación profesional de la planta docente se logró que la totalidad cuente con el Diplomado en Teoría y Práctica Pedagógica y que el 95% tiene grado Académico de Master, lo que muestra el constante proceso de superación camino a la excelencia.

También, uno de los hechos más importantes de la Facultad de Ciencias Económicas y Financieras, en la gestión 2008 fue el proceso de Evaluación Externa y Acreditación de sus tres carreras, efectuado por pares académicos designados, ante organismos internacionales como es la CONEAU de la República de Argentina y la Dirección de Acreditación del Comité Ejecutivo de Universidades, los mismos que en fecha 9 de junio del 2008 según resolución del C.U.B. se obtiene la acreditación por primera vez de las Carreras de Contaduría Pública, Administración de Empresas y Economía.

Finalmente, en el año 2016, se implementó un nuevo plan de estudios en las tres carreras como parte de los constantes ajustes y mejoras, de acuerdo al nuevo rediseño curricular, implementándose programas de mejoras continuas, situación que permita formar profesionales creativos e innovadores, comprometidos con el desarrollo económico de la región y el país en su conjunto.