La Facultad de Ciencias Económicas y Financieras fue creada el 25 de noviembre de 1947, como la segunda Facultad de “Juan Misael Saracho”, con el nombre de Facultad de Economía con una orientación netamente contable y jurídica.
 El 21 de abril de 1948 la Facultad de Economía comienza a funcionar de forma regular, iniciando su gestión con 17 estudiantes inscritos en el primer año en la sección facultativa y con 55 estudiantes en la sección comercial, siendo su primer decano el Sr. Adolfo Piñeiro Román, quien desarrollo importantes actividades durante su gestión contribuyendo al fortalecimiento y consolidación de la nueva facultad.
Sin embargo un aspecto que llama la atención en el periodo 1952, es la falta de profesionales docentes para regentar la cátedra, por lo que la facultad se ve en la obligación de contratar a jóvenes egresados de la misma; ampliando se el periodo de estudio de 4 a 5 años.

En el año 1955 se hace cargo de la Decanatura en calidad Decano Interino y de manera ad Honoren, el sr. Docente Humberto Angulo, quien en base al consejo universitario aplica el nuevo plan de estudios a los cinco cursos de la facultad.
En 1964 se divide la Facultad en: Facultad de Economía e Instituto de Comercio, quedando a cargo de los Decanos Dr. Alberto Sánchez Rossel y el Lic. Manuel Cuevas Aguilera respectivamente. hasta la gestión 1967 a partir de este año el instituto de comercio se cierra iniciando sus actividades la carrera de auditoria. La facultad continúa con sus actividades hasta el año 1971 cuando a raíz de la intervención militar en la administración del estado debe cerrar sus puertas, reiniciando sus actividades en la gestión 1993, con las carreras de Economía, Auditoria y Administración de Empresas, bajo un sistema semestralizado con los consiguientes cambios y reformas en los planes de estudio.
Un análisis histórico de su desempeño que incluya un balance entre recursos consumidos y logros alcanzados en el ámbito académico, no cabe duda que arrojaría resultados favorables para la Facultad que durante la década de los años sesenta ha logrado un importante desarrollo en base a acciones progresistas a través de reformas de planes de estudio, provisión de cátedras con exámenes de competencia, nivelación de programas con otras facultades de universidades hermanas y otras más, logró un importante cambio cualitativo, pasando de una orientación jurídico contable y fuerte presencia de docentes abogados a un plan de estudios con clara orientación hacia el pensamiento económico de la CEPAL, predominante en aquel tiempo. Contó asimismo con prestigiosos economistas que  luego de exitosos cursos de postgrado en centros que son referente internacional como ESCOLATINA, el CIENES y CELADE en Santiago de Chile, se integraron a la planta docente. A esto hay que añadir los aportes realizados a la región a través del activo rol que ha cumplido en favor del Desarrollo departamental promoviendo Foros y Debates sobre tan importante temática. Sin embargo, nada podría justificar la actitud de conformismo y afirmar que se puede vivir de las glorias del pasado.
En  base a diversas reuniones pre-sectoriales que contaron con la participación activa de docentes y estudiantes de cada carrera, en el año 1990 se pone en vigencia los planes anuales de las tres carreras, denominando PLAN 90, cuyas características permiten ubicar a la facultad entre las mejores del sistema universitario nacional.
Cambios que fueron plasmados en las reuniones pre sectoriales, contando con la activa participación de docentes y estudiantes de cada carrera, las mismas que determinaron el diseño y la aplicación del plan de estudio denominado “plan 90” los aspectos de mayor análisis fueron los siguientes:
1.    Evolución de las carreras de Economía, Auditoria y Adm. de Empresas
2.    Evaluación de la formación de académica del estudiante.
3.    Los aspectos básicos de la Economía y del profesional en ciencias económicas y financieras.
4.    Formación profesional
5.    Plan de estudios
6.    Nuevo perfil profesional
7.    Políticas académicas
8.    La importancia de la investigación científica en la formación de los recursos humanos.
El plan académico 1990 asume el carácter anualizado y se implementan nuevas modalidades de titilación entre las cuales tenemos
 

A partir de la gestión 2002 entró en vigencia la nueva estructura Académica de “Juan Misael Saracho” de acuerdo al Plan Piloto para el Cambio y  Transformación de la Educación Superior en el contexto Latino Americano IESAL/UNESCO en el cual se enmarca el Plan de Desarrollo Integral Facultativo para el quinquenio 2002-2006, como parte del sistema de planificación institucional dentro de esta nueva estructura departamentalizada, la facultad queda conformada por departamentos, de la siguiente manera:
1.    Dpto. de Economía General
2.    Dpto. de Economía Aplicada
3.    Dpto. de Sistemas  Contables.
4.    Dpto. de Auditoria y Finanzas
5.    Dpto. de Administración
6.    Dpto. de Administración Aplicada
7.    Dpto. de Estadística
De acuerdo a la información contenida en el plan de desarrollo facultativo, en lo que se refiere  a la formación profesional de la planta docente se puede indicar que la totalidad  cuenta con el Diplomado  en Teoría y Práctica Pedagógica y que el 95% tiene grado  Académico de Master, lo que muestra el constante proceso de superación camino a la excelencia